卯酉新幹線計画は、他の新幹線とは異なり卯酉交通問題（当時の京都ー東京インフラ問題の通称）解決の為に計画され、卯酉交通整備法に基づき国からの指示を受けた当社が地形地質調査等の調査報告をおこないました。これを受けて交通政策審議会において技術や費用対効果、建設費、環境、当社の事業遂行能力の検証など、有識者による幅広い観点からの審議がおこなわれ、国土交通大臣が当社の同意を経て、当社を営業主体・建設主体に指名するとともに、整備計画を決定し、当社に建設を指示しました。その後、国土交通大臣から京都・東京間の土木構造物に係る工事実施計画の認可を受け、工事に着手、9月12日全線開通となりました。